桓玄率领荆州军攻陷建康后第三天，傀儡皇帝司马德宗在桓玄的指示下召开早朝，罢黜了一批于司马道子当权时得势的贪官，拔擢了建康高门包括王弘和谢混在内的多个年轻俊彦，除复用隆安年号，其它均一切如旧。又开仓赈济百姓，令朝政有清新之象。
更使人安心的是谯纵和谯奉先均没有被任用为朝臣，前者被封为益州公，后者为巴蜀侯，令建康的高门松了一口气，不用担心被外来的世族动摇他们家族的地位。
至于刘牢之，桓玄处理的手法摆明是有针对性的，硬朗多了，先贬刘牢之为会稽太守，会稽此时仍在天师军的控制下，桓玄此着背后的含意，可谓司马昭之心，路人皆见。又派桓弘率军到广陵去向刘牢之宣读圣旨，同时接收北府兵兵权。
桓玄再以亲族和旗下大将出镇建康附近各重要城池，完成了部署，守稳了阵脚。
桓玄则封自己为都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧、领徐、荆、江三州刺史，假黄钺，把大权独揽于一身。
在建康一役中为他立下大功的王愉和王绪，得到的却是没有实权的高位，还被发落到偏远之地，当个闲官。
当桓玄忙着接见和安抚各大家族的领袖时，谯奉先满脸阴霾的来到皇宫内苑见谯纵，道：“情况不妙！”
谯纵正闭目打坐，闻言睁开眼睛皱眉道：“如何不妙？”
谯奉先在他身旁坐下，沉声道：“刚收到消息，刘裕到了京口。”
谯纵愕然道：“他怎可能分身呢？”
谯奉先道：“这表示天师军已不足为患，建康还有个传言，说孙恩不敌燕飞，在决斗中身亡。若传言属实，天师军便等于完蛋了，这结局只是迟早的问题。”
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